这次新型冠状病毒如何被推测的？mNGS首功！

最原先的原先型甲型是如何被辨认出的？恒基因核酸四组核酸（mNGS）首当其功！年末SARS，怀疑过支原体、芽孢、病毒等接种，最后可怜了很久下才辨认出是甲型接种。如今mNGS问世，改变了病菌药理学的病因原先格局！这次从所发病到病因，只有短短几天星期！一个大就简单介绍一下mNGS.

最近三十年，四组学学术研究多年来是近期，最早是生器物学应答学，然后是生物学，如今原先兴四组学领域则是被忽视远胜大生态环境的恒生器物学应答学（Metagenomics）。恒生器物学应答学（Metagenomics）又叫菌种生态环境生器物学应答学、元生器物学应答学，通过并不需要从生态环境容器之中分离出来同类型部菌种的DNA或RNA，实现恒基因核酸四组月刊，借助于生器物学应答学的学术研究策略学术研究生态环境容器所包含的同类型部菌种的遗传四组成、群落功能，并可研所发原先的生理反应会活解禁性器生物体（或得到原先基因核酸）。

2014年原先英格兰医学杂志报道了一个通过恒基因核酸四组除此以外侦测量仪器治愈了一位状况未公开、连续不断所发热、很强癫痫及脑积水症状的14岁小孩子的例子，这是历史记录上首个恒基因核酸四组临床学术研究广泛应用成功的例子。书评报道这个这两项治疗及病菌前列腺癌都不必就诊状况，随后对脑脊液体判读mNGS前列腺癌，结合生器物学应答学深入学术研究结果辨认出一种可疑的病菌菌leptospira infection，随后针对解禁性地广泛应用于阿司匹林和咪唑锦标肟治疗后出院。该团队确认这是一种尚未报道过的病菌体种。由此，临床学术研究恒基因核酸四组正式广泛应用做菌种病因拉开了帷幕。详细见：NEJM：原先一代核酸核心技术扭转危重病小孩子

随着基因核酸核酸核心技术的迅猛转型，基于二代核酸的恒生器物学应答学（恒基因核酸四组核酸）踏入了临床学术研究的焦点。恒基因核酸四组核酸（mNGS）是整体深入学术研究来自症状判读的菌种和寄生虫的基因核酸器生物体（DNA和RNA）的深入学术研究方法，广泛应用做多种接种解禁性疾病的病因、疾病和肥胖症状态下药理学深入学术研究、人类寄生虫反应会对接种传递的构造转化成、定位肾脏相关病毒。恒基因核酸四组核酸（mNGS）描述了判读之中普遍存在的所有DNA或RNA应答，从而必须深入学术研究整个菌种四组以及症状判读之中的人类寄生虫基因核酸四组或基因核酸表达四组，让病菌菌种无所遁形。

在临床学术研究接种解禁性病菌探寻的过程之中，临床学术研究心理医生时常不会深知原先所发病菌经常想不到、疑难接种病菌没想到、或者由于侦测量仪器核心技术受限想到没侦测量仪器到的窘境，既有的临床学术研究除此以外病因方式与临床学术研究的迫切均需求数间还普遍存在着前所未见的二国。而mNGS (恒生器物学应答学二代核酸核心技术) 在“仅仅”必须回答临床学术研究心理医生的上述异议，当前已应对临床学术研究接种解禁性疾病看病的大多难于。

mNGS作为一种不均需养成的原先型核心技术，可以洞察快速鉴别接种病菌，相比习惯养成深入学术研究方法握有更很高敏感解禁性的同时又与“灵巧诊疗”的理念相新颖。Gyarmati 等在2016年所发表的一篇古书之中宣称，mNGS可以并不需要从肝脏体判读之中鉴别不必养成的、苛养的以及非芽孢 (病毒和真菌) 病菌。除此之外，mNGS可以用做结核病预防，很强并不需要从临床学术研究判读之中获的病菌传递线索的潜力。2014年，Hasman等宣称mNGS可用做尿液体判读之中病菌以及病毒性基因核酸的侦测量仪器，而且不仅病毒性基因核酸的侦测量仪器结果与药敏科学实验一致，也与基于显养成器物的同类型基因核酸四组核酸 (WGS) 的进转化成深入学术研究结果相匹配。越来越多的例子以及临床学术研究学术研究宣称mNGS用做临床学术研究病因的可行解禁性以及诸多占去有优势，使得mNGS踏入很好病菌病因深入学术研究方法的“热门提名人”。

mNGS有哪些用处呢？

一个大这张图较好地隐含和阐明。二代核酸不仅可以用做病菌学侦测量仪器，也可以在病菌养成后做深达的二代核酸，甚至同类型基因核酸四组深入学术研究。现在主要用做临床学术研究的还是临床学术研究古生物学家病菌学侦测量仪器，通过侦测量仪器可以所发觉古生物学家之中含有的病菌。如果核酸量必须进一步突破，它除了可以把古生物学家之中里所有菌种的蛋白质测量仪器出来外，也可以把生理表达的所有RNA测量仪器出来，为了让辨别定植或者接种。比如铜绿假单胞菌测量仪器出来后，生理有不必针对它消除发炎反应会，还可以辨别是定植还是接种，但迄今为止还在探讨阶段，尚这两项未用做临床学术研究。

对于混和接种，mNGS也有天然的占去有优势

对于混和接种的病因，与习惯深入学术研究方法相比，NGS很强更很高的敏感解禁性。

然而，在踏上圣者坦途，为临床学术研究获取“咨询服务”应对方案之前，mNGS仍有一段崎岖小路均需艰难前行。首先，深知肝脏体、痰液体、脑脊液体、四民间组织、拭子等纷纷杂杂的古生物学家类型，如何建立统合的蛋白质分离出来这两项使得病菌的侦测量仪器效能最大转化成难于重重。寄生虫蛋白质也是干扰病菌侦测量仪器的一大各种因素，在蛋白质分离出来每一集，怎么样无论如何合理添加寄生虫蛋白质，非金属病菌蛋白质，进而提很高mNGS的阈值也是拖累之一。

在核酸每一集，如何依据关心的病菌类型自由选择适当的核酸策略？如何慎重考虑核酸深达、交付星期以及所均需经济转型费用等诸多各种因素？这些关键问题依然是当前深知的前所未见的考验。

另外，在科学实验每一集加入质控判读最主要。很好的质控应适用做不尽相同接种症候群以及也就是说的各种判读类型，扩展到阳解禁性质控、阴解禁性质控以及加入病菌体或显DNA的人工模拟质控判读。然而，mNGS同类型面布满的深入学术研究方法学特解禁性为选取何种病菌体作为阳解禁性质控增加了可玩解禁性，临床学术研究出所发点之中又该如何受益经过伦理审批的此前阴解禁性对照判读也是关键问题之一。

在生器物学应答特别，近年有学术研究审核了不尽相同的生信深入学术研究深入学术研究方法的取舍。既有的深入学术研究方法不仅搜索算法普遍存在相异，而且所用的资料库也各有不尽相同，加剧在病菌鉴别并能以及相较核素量转化成特别经常出现不同之处。在mNGS生信深入学术研究流程缺乏统合这两项的只能，广泛应用于者基于个人潜能、可及解禁性以及简便解禁性选用生信深入学术研究软体，不会对科学实验重复解禁性以及结果可靠解禁性所致影响，踏入mNGS的临床学术研究一个通用妨碍。

因此，该学术研究同类型面性关心蛋白质分离出来和生器物学应答深入学术研究两个重要一环，对比审核三个人源寄生虫添加路易斯酸盒 (Ultra-Deep Microbiome Prep 、QIAamp DNA Microbiome Kit、Micro-DXTM) 以及多种既有商用或非商用生器物学应答工具的取舍。

科学家挖掘9个尿液体 (横膈膜液体、脓液体、关节液体、痰液体) 判读和1个骨四民间组织古生物学家顺利进行核酸，之后分别广泛应用于不尽相同的生器物学应答软体比如基于Unix系统不会 (Kraken、Metaphlan2和MIDAS)、基于网页英文版的商用或非商用 (BaseSpace、Taxonomer和CosmosID) 深入学术研究软体与商用工作站 (CLC genomics Workbench)。他们辨认出不尽相同判读的下机比特率及人源核酸占去比相异小得多 (3.5%-98.9%)，其之中人源占去比与判读类型毫无关系，与每个判读自身的特解禁性以及去寄生虫路易斯酸盒的效率有关。

本书评关乎的mNGS生信深入学术研究软体

以养成或MALDI-TOF为金这两项，科学家审核量转化成了每种深入学术研究软体的病菌鉴别位数以及其也就是说的阳解禁性、假阳解禁性、敏感解禁性等表达式。在临床学术研究出所发点之中，原先核心技术均所需同时具备很强很高敏感解禁性和很高阳解禁性总数级 (PPV)。广泛应用于Kraken和Taxonomer这两个流行的软体可以看到其侦测量仪器到数十到数百种菌种，量转化成得到的PPV极低。虽然设立电位过滤对应对这一关键问题有益，但电位是否是设立为多少仍普遍存在争论中。另外，软体均需整体广泛应用于多个表达式，如相较核素、基因核酸四组不等、基因核酸四组借助于率等除此以外病菌体的鉴别。

科学家也在阴解禁性质控判读之中含有1%的人光亮酵母，他们深入学术研究光亮酵母的含有也许是生态环境或判读数间的污染源、核酸路易斯酸引入或生器物学应答深入学术研究的直观判读等状况加剧。时代背景菌的关键问题也在多个学术研究之中被提及，这些含有的病菌在判读之中是否真实普遍存在？污染源、定植还是病菌如何辨别？核心技术研制出人员，生器物学应答人员、菌种医学专家以及临床学术研究心理医生也深知着不断升级的考验。总结说来，迄今为止mNGS的临床学术研究广泛应用深知如下四个考验：

深知如上的考验，我们也碰到了一系列的异议。出书本期搜集了两个关于mNGS临床学术研究医学专家常不会问及的关键问题，从当前核心技术转型的角度看出所发，计算出来如下的尝试解禁性解答。

为什么有些判读养成阳解禁性了、蛋白质侦测量仪器阳解禁性了、mNGS不必含有来？这个核心技术其实不行？

任何临床学术研究侦测量仪器都要考虑肥胖症经济转型费用，这也是原先核心技术mNGS的考量各种因素之一，使得迄今为止mNGS经济转型费用与阈值数间均所需慎重考虑。临床学术研究判读很强相当很高的复杂解禁性，而且很多病菌接种后含量很低或用药后调制加剧病菌总数降低，在限量比特率的只能，靶病菌由于应答太低而被遗失。

由于这些考验所致了的侦测量仪器单单，经常就不会日后临床学术研究心理医生逐步形成接触单单，所以我们听完临床学术研究心理医生对mNGS功能的不认可的声音。虽然扩大比特率是手段之一，但在肥胖症经济转型费用的限量下总有先决条件。通过非金属病菌体，大大降低核酸比特率，进而提很高阈值；侦测量仪器长片段，进而提很高特异解禁性是我们与临床学术研究迄今为止以及下一代共同努力的斜向。

临床学术研究心理医生经常应答mNGS侦测量仪器结果是一个病菌列表，其实哪个或哪几个病菌才是元凶？

多个病菌的含有主要如下两个特别状况：

mNGS核心技术搜索算法普遍存在短核酸直观判读，尤其针对大多同源解禁性较很高的鸟类，因此其在这类同源解禁性较很高的鸟类之中分类意义就打了优惠。如何应对一个短核酸同时比较到多种病菌关键问题呢？迄今为止我们的研制出人员早就快速的研所发构造基因核酸资料库，多个资料库的落成将不会进一步提很高病菌体的准确判读并能。

多病菌共接种、 原所发接种与继所发接种的多病菌接种或消化道分泌器物，肠道分泌器物解禁体系本身的菌种多样解禁性等状况将不会加剧多种病菌含有。这严格来说不是核心技术本身单单，而是临床学术研究医学关键问题。养成深入学术研究方法、质谱深入学术研究方法、多重PCR深入学术研究方法也不会含有多个病菌，最终的病因结论均所需有临床学术研究病因的相关应答介入、也均所需临床学术研究接种心理医生的共同参加，不必倚靠侦测量仪器应对一切关键问题。在应有精简分析报告的只能，多病菌列表展示的占去有优势作用在于一特别获取也许的合理线索，另一特别当有准确直观的临床学术研究应答时可以除此以外临床学术研究病因。

对于mNGS来说，可以说为病菌学病因又锁住了一扇原先的楼梯间，我们一定要大胆的出所发点，要洞察它的占去有优势和优点，但是拿到结果时要小心驳斥，掌控原先第一线。

原始之中有：

Couto, N., Schuele, L., Raangs, E. C., Machado, M. P., Mendes, C. I., Jesus, T. F., ... Co Autenrieth, I. B. (2018). Critical steps in clinical shotgun metagenomics for the concomitant detection and typing of microbial pathogens. Scientific reports, 8(1), 13767.

Gyarmati, P. et al. Metagenomic analysis of bloodstream infections in patients with acute leukemia and therapy-induced

neutropenia. Sci. Rep. 6, 23532 (2016).

Hasman, H. et al. Rapid whole-genome sequencing for detection and characterization of microorganisms directly from clinical